ども、はじめまして。
確かに自動というのはありません。
AIXは2トラック以上のADXを同時再生するときに使われると思うのですがAIX内のADX自体は1chで
ボリューム、パン(音の位置)などは再生するときにプログラムから指定しているようです。
トラック位置でパンが決まっているわけではないので自動というわけにはいきません。
アイマスの場合は確か11トラック目が伴奏の左チャンネルで12トラック目が右というように固定だったので
自分のプログラムではAIX→ADX→WAVをするときに11、12トラックが存在したらメモリ内でデコードし
WAVEファイルへ書き込むときに左右のチャンネルに振り分けて出力しました。
in_cubeの作者さんのページにあるaix2adxで単体ADXに分離できます。
http://hcs64.com/vgm_ripping.html
アイマスのWAVE変換はこちらを流用させてもらいました。
adx2wavもありますが、ものによってはベースボリューム値を調整する必要があります。
ソースコードが入っていますので自分で書き換えてコンパイルして使うと良いでしょう。