かなり資料やツールが揃っていると思うのですが駄目ですか。
ここにあるnifskopeがnifファイルのブラウザです。
データ構造を見ることができます。
実際のデータと見比べならがデータ構造を把握してテクスチャのチャンクを読み取り、サイズやピクセルフォーマットを抽出してDDSに変換するプログラムを書くと良いと思います。
nifファイルはバージョンによってかなり構造が違うようです。
詳細はniflibのソースコードが参考になると思います。
確かnifskopeにテクスチャをDDSファイルに変換する機能があったと思います。
抽出のみで書き換えはできません。
書き換えが目的なら自分でプログラムを書いてください。